Fue el Concilio de Tolosa, para acabar de destruir la herejía maniquea heredada de Persia, el que dió lugar a la creación de los llamados “Inquisidores de la Fe” en 1229, que daría lugar después al llamado Tribunal del Santo Oficio, cuya función fue destruir cualquier signo que fuera contra la religión católica, llegando a convertirse en una de las policías más crueles y severas de cuantas han existido. Sin embargo, la Inquisición o el Tribunal del Santo Oficio no entró en los reinos de Castilla y León sino hasta 250 años después de que se había establecido en toda Europa. Antes, la vigilancia de los obispos y de otros prelados de la iglesia había sido suficiente para reprimir la herejía, de hecho, hasta la segunda mitad del siglo XV se toleraba que moros y judíos celebraran su culto pacíficamente. Tanto las mezquitas como las sinagogas gozaban de fueros particulares y eran protegidas en sus derechos.
En América, el Tribunal del Santo Oficio se estableció por primera vez en la isla de Santo Domingo, llamada en ese entonces La Española, gracias a que el cardenal Adrián de Utrech, regente del reino e inquisidor general de España, extendió el nombramiento de inquisidor de todas las tierras descubiertas y a descubrir a don Pedro de Córdoba, residente de dominicana.
Tres años después de consumada la Conquista de la Nueva España, fray Martín de Valencia, franciscano evangelizador, fue nombrado por Pedro de Córdoba comisario de la Inquisición en México. Aunque los franciscanos no tenían ni bula ni permiso para ejercer ese oficio que era y había sido siempre privilegio exclusivo de los dominicos. Ese primer inquisidor ejerció suavemente el empleo, hasta que a la muerte de Córdoba, llegó de España fray Vicente de Santa María, un dominico.
En 1535 el inquisidor general de España y arzobispo de Toledo, Alfonso Manrique, expidió el título de inquisidor apostólico al primer obispo de México, Juan de Zumárraga. Aunque este no creyó prudente establecer aún la Inquisición en México, cometió el tremendo error de formar proceso a un indio, señor principal de Texcoco, bautizado ya con el nombre de Carlos y nieto de Netzahualcóyotl, a quien acusó de seguir sacrificando víctimas a sus dioses. El inquisidor apostólico lo mandó a quemar vivo en la plaza pública el 30 de noviembre de 1539 para convertirlo en la primera víctima del Santo Oficio en la Nueva España. Zumárraga recibió regaño y castigo porque en las disposiciones reales y las reglas del Santo Oficio, se estipulaba que no se podían ejercer rigor ni pena contra los cristianos nuevos de la raza india.
Sin embargo, no fue hasta 1571 que el doctor Moya de Contreras, inquisidor mayor de la Nueva España estableció en México el Tribunal de la Fe, este año, se considera oficialmente, como el del establecimiento del Santo Oficio en México.
Fray Tomás de Torquemada, pariente de Juan de Torquemada, el ilustre fraile que se ocupó de la historia indiana de México, fue uno de los más crueles inquisidores de España, Fue él quien desarrolló las reglas más crueles y estrictas para el Santo Oficio, reglas que se siguieron al pie de la letra en México. Entre sus disposiciones estaba que el secreto de los testigos fuera inviolable, que se adoptara el tormento y la confiscación de bienes, que en un corto período de gracia los acusados se denunciaran a sí mismos y abjuraran de sus errores, que se recibieran las denuncias de padres contra hijos y de hijos contra padres y que se permitiera la separación del derecho común y del orden de proceder en todos los tribunales conocidos.
Luis González Obregón calcula que se pronunciaron 51 sentencias de muerte en los 235 o 242 años en los que funcionó en México el Santo Oficio, pero esta puede ser una conjetura: Llorente dice, por ejemplo, que sólo en 1481 hubo 21 mil procesos y hasta quienes sostienen que la Inquisición no quemó a nadie en tierras mexicanas. Sin embargo, es muy probable que todos se equivoquen o que el más aproximado en sus cálculos sea González Obregón ya que, por ejemplo, en el caso contra Luis de Carvajal, uno de los más célebres de México, murieron ocho personas, siete de ellas en la hoguera y una en el garrote vil.
Las penas impuestas a los reos de delitos que no se castigaban con la muerte eran generalmente “el auto, vela, soga y mordaza y abjuración de Levi”, y a veces también el destierro. Eran de rigor, eso sí, 100 o 200 azotes. Entre los delitos figuraban no sólo el renegar de Dios, de sus santos y la Virgen, sino también el amancebamiento, la fornicación y la sodomía.
La indumentaria denunciaba al reo y así lo segregaba: a los judaizantes, por ejemplo, se les condenaba a llevar ad perpetuum, un hábito penitencial amarillo con dos aspas coloradas de San Andrés: es lo que llamaban el sanbenito. Remataba el atuendo un gorro de papel en forma cónica, color azafrán. Para indicar que un preso iba hacia las cárceles del Santo Oficio se decía que “se lo habían llevado en la calesita verde”.
Durante la Colonia al edificio de la Inquisición, después la Escuela de Medicina, se le llamó la “casa de la esquina chata”. El Patio de los Naranjos era el de las prisiones y estas celdas medían, por lo general, 16 pasos de largo y 10 de ancho, contaban con dos puertas de un grosor bastante importante, un agujero con rejas dobles donde entraba escasamente la luz y una tarima de azulejos que hacía las veces de cama.
Después se convirtió en sitio para bailes públicos, plantel del colegio militar, cárcel de reos políticos y militares y desde 1847 hasta mediados del siglo pasado, sede de la Escuela Nacional de Medicina. Actualmente alberga la exposición del Museo de la Medicina Mexicana, inaugurado el 22 de diciembre de 1980.
El museo en la actualidad esta conformado por 24 salas que contemplan desde la época prehispánica hasta el siglo XX las que se han dividido en: México antiguo, herbolaria, Siglo XVI, Siglo XVII-XVIII, Siglo XIX y XX, así como las salas de especialidades, botica esesarte, otorrinolaringología, radiología, y la sala del desarrollo humano, así como un gran espacio para actividades múltiples.
Las cortes generales y extraordinarias que decretaron en España la abolición de la Inquisición, sesionaron el 8 de diciembre de 1812, y el decreto se pronunció en México en 1813, sin embargo quedó definitivamente abolida hasta 1820.
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